Σοτάρουμε σε τηγάνι στο λάδι το κρεμμύδι, το σκόρδο και τα μανιτάρια. Αλατοπιπερώνουμε ελαφρώς (γιατί θα ακολουθήσουν υλικά που είναι αλμυρά) και ανακατεύουμε, μέχρι να σωθούν, τελείως, όλα τα υγρά των μανιταριών, περίπου 15 λεπτά.
Ακολουθεί η προσθήκη του πέστο, της κρέμας γάλακτος, της γραβιέρας και του βασιλικού. Σβήνουμε τη φωτιά και νοστιμίζουμε με λίγο αλατοπίπερο, αν χρειαστεί.
Ετοιμάζουμε μπεσαμέλ (Δείτε τη συνταγή εδώ) Σε μεγάλο ταψί βάζουμε τα κολοκυθάκια μας, τα γεμίζουμε με τη γέμιση μανιταριών, καλύπτουμε με μπεσαμέλ, και ψήνουμε περίπου 45 λεπτά.
Ψήνουμε για μία ώρα στους 200°C.